O‘zbekiston Respublikasi Xalq taʼlimi vazirining 2022-yil 28-iyundagi “O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining “Nizomiy nomidagi Toshkent davlat pedagogika universiteti faoliyatini takomillashtirish bo‘yicha qo‘shimcha chora-tadbiralar to‘g‘risida”gi qarori ijrosi haqidagi 209-son buyrug‘i bilan tasdiqlangan A.Avloniy nomidagi pedagoglarni kasbiy rivojlantirish va yangi metodikalarga o‘rgatish milliy-tadqiqot instituti Ustaviga mufoviq Ilmiy kengash faoliyatini tashkil etish tartibi belgilangan.
Ilmiy kengash Institut faoliyatiga doir asosiy masalalarni ko‘rib chiqish uchun tashkil etiladi va Institut rektori raisligida faoliyat ko‘rsatadi. Ayrim istisno holatlarda Institut ilmiy maslahatchisi Ilmiy kengash majlisida raislik vazifasini bajarishi mumkin.
Ilmiy kengash Institutning oliy boshqaruv organi hisoblanadi.
Nizom bo‘yicha Ilmiy kengash tarkibiga Institut rektori (Rais), Ilmiy maslahatchi (rais o‘rinbosari), prorektorlar, ilmiy-tadqiqot bo‘limlari va kafedralar mudirlari, bo‘lim boshliqlari hamda yetakchi-professor-o‘qituvchilar, jamoat tashkilotlari vakillari kiritilishi mumkin. Ilmiy kengash tarkibi Institut rektorining buyrug‘i bilan tasdiqlanadi va turli sabablarga ko‘ra tarkibdan chiqqanlar o‘rniga, yangi aʼzolar mazkur Nizom asosida kiritiladi.